Якутск расположен на левом берегу реки Лены. Действует речной порт. Бо́льшая
часть грузопотока в отсутствии железнодорожного транспорта проходит именно
через речной порт. Кроме того, речной пассажирский транспорт связывает город с
населенными пунктами Якутии в бассейне Лены: Олёкминском, Сангаром, Жиганском.
В связи с экономическими и техническими причинами с 2008 года прекращены
регулярные рейсы на Хандыгу.
Добраться автомобильным транспортом до Якутска сложно: федеральная трасса M56
«Лена» доходит до посёлка Нижний Бестях, расположенного на правом берегу Лены,
напротив Якутска. Сообщение с Якутском: летом — грузопассажирский паром,
зимой (декабрь — апрель) — по льду реки, в период ледохода и ледостава
сообщение возможно только по воздуху. Дорога имеет в основном гравийное
покрытие.
Участок Томмот — Качикатцы требует полной реконструкции, в связи
с интенсивной эксплуатацией и отсутствием надлежащего технического обслуживания
покрытие дороги полностью разбито. Частично действует федеральная автодорога «Колыма»
(Якутск — Магадан), в 2008 году ведётся ликвидация грунтовых разрывов В 2007
году автодорога «Вилюй» (Якутск — Вилюйск — Мирный — Ленск —
Усть-Кут — Тулун) включена в список федеральных дорог.
Однако фактически
такой дороги не существует. Участок Ленск — Усть-Кут является зимником, по
которому автомобильное сообщение возможно около трёх месяцев в году. На участке
Якутск — Мирный круглогодичное сообщение возможно только условно, в
некоторых местах во время проливных дождей полотно дороги (как и в случае с
автодорогой «Лена») превращается в болото. Остальные участки также нуждаются в
реконструкции.
Активно ведётся строительство Амуро-Якутской железнодорожной магистрали
(АЯМ). В настоящее время по железной дороге осуществляется пассажирское
движение до ст. Томмот (570 км
от раз. Бестужево на БАМе), грузовое — до ст. Амга (672 км), рабочее — до
ст. Харбыхан (735 км).
В августе 2008 года строительные работы шли в трёх километрах от станции
Кёрдём. Далее предстоит 70-километровый участок до Нижнего Бестяха.
Относительно конечного пункта магистрали принято решение о строительстве
совмещённого железнодорожно-автомобильного моста через Лену в районе Табаги и
вокзала непосредственно в Якутске. Возведение моста начнётся в 2010 году.
В городе действуют два аэропорта: «Якутск» (основной; осуществляет
внутренние республиканские, российские и международные рейсы) и «Маган»
(запасной; расположен в одноимённом пригородном посёлке).
